Прежде всего добавьте в файл "~/.bashrc" следующую строчку:

export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/intel/lib/intel64/:$LD_LIBRARY_PATH

Затем выполните команду:

source ~/.bashrc

Для запуска расчетов на виртуальной машине просто перейдите в директорию со входными данными и запустите расчеты с помощью команды "mpirun" :

cd <директория_с_входными_данными>
/usr/local/mpich2/bin/mpirun -np <число_ядер> /usr/local/DL_POLY/dl_poly/execute/DLPOLY.Z

В качестве примера можно взять тест, расположенный в папке "/usr/local/submit/examples/DL_POLY/" . Пример запуска расчетов теста 1 приведен ниже: мы переходим в директорию "~/examples/DL_POLY", копируем туда тест, распаковываем его, переходим в папку с тестом и запускаем расчеты DL_POLY.

mkdir -p ~/examples/DL_POLY/
cd ~/examples/DL_POLY/
cp /usr/local/submit/examples/DL_POLY/TEST1.tar.gz ./
tar -xf TEST1.tar.gz
cd TEST1
/usr/local/mpich2/bin/mpirun -np <число_ядер> /usr/local/DL_POLY/dl_poly/execute/DLPOLY.Z

Тестовые скрипты:

• /usr/local/submit/submit-dl-poly.sh

Запуск расчетов:

Последняя версия DL_POLY находится в директории /usr/local/DL_POLY/dl_poly .

Для использования DL_POLY прежде всего добавьте в файл ~/.bashrc следующую строчку:

source /usr/local/submit/.bashrc.intel.tp

Для запуска задачи DL_POLY выполните следующую команду:

/usr/local/submit/submit-dl-poly.sh <число_ядер> <рабочая_директория>

Здесь "<число_ядер>" - число ядер кластера, которые будут задействованы для задачи, а "<рабочая_директория>" - это каталог, в котором расположены входные данные, в этот же каталог будет записан и результат.

В качестве примера возьмем тестовую задачу, расположенную в директории "/usr/local/submit/examples/DL_POLY/". Создадим папку "~/examples/DL_POLY/", скопируем в нее архив с тестовой задачей и распакуем его:

mkdir -p ~/examples/DL_POLY/
cp /usr/local/submit/examples/DL_POLY/TEST1.tar.gz ~/examples/DL_POLY/
cd ~/examples/DL_POLY/
tar -xf TEST1.tar.gz

Теперь запустим эту тестовую задачу DL_POLY на кластере:

/usr/local/submit/submit-dl-poly.sh 16 ~/examples/DL_POLY/TEST1

В директории, где запускался скрипт "submit-dl-poly.sh", по окончании вычислений будут располагаться файлы вида:

DL_POLY.o<id_задачи>
DL_POLY.e<id_задачи>

Например,

DL_POLY.o48458
DL_POLY.e48458  

В этих файлах содержится стандартный вывод программы и ошибки (если таковые были) соответственно.

Результаты вычислений будут располагаться в директории "~/examples/DL_POLY/TEST1".